Nel marzo 1979, secondo quanto afferma lo stesso Hamer, gli viene asportato chirurgicamente -in due sedute a Tübingen (fonte: settimanale "Der Spiegel" dell'8 settembre 1997)- un cancro ai testicoli (fonti: sentenza del tribunale amministrativo superiore di Colbenza numero 6A 10035/89.OGV 9K; sito philar.com - pagina uno e pagina due; intervista Radio Toronto del 13 marzo 1999). Secondo Hamer tale tumore sarebbe apparso nel 1978 o all'inizio del 1979, ovvero circa due mesi dopo la morte del figlio. Nella sentenza del tribunale amministrativo di Coblenza la data dell'intervento viene invece indicata nell'anno 1981.

Hamer inventa la "Nuova Medicina" tra l'estate e l'autunno del 1981, dopo l'apparizione in sogno del figlio Dirk, e la presenta in un filmato al pubblico della televisione bavarese (Bayerischer Rundfunk) il 4 ottobre 1981, mentre un filmato viene trasmesso anche dalla RAI italiana il 5 ottobre 1981. Sempre nell'ottobre del 1981 tenta di diventare professore proponendo all'università di Tübingen una sua tesi di abilitazione intitolata: "Das Hamer-Syndrom und die eiserne Regel des Krebses" (La sindrome Hamer e la regola ferrea del cancro). Il 10 maggio del 1982 la tesi d'abilitazione di Hamer viene rifiutata dall'università di Tübingen per "mancanza di qualità scientifica e di prove" (fonte: Habilitationsauschuss dell'università di Tübingen) con 150 voti a 0.

Nel 1985 muore sua moglie,
Sigrid Oldenburg, a causa di un infarto cardiaco (una complicazione che è spesso la conseguenza di un tumore). Sua moglie aveva infatti un cancro al seno. Hamer dichiarerà più tardi che sarebbe morta perché non aveva la fiducia necessaria nella sua "Nuova Medicina" (fonte: testimonianza della signora Müller).