Nel caso 34 Js 85/86 della procura di Colonia Hamer deve pagare la somma di 3000 marchi tedeschi (circa 1500 euro) per evitare di essere processato per aver violato il "Heilpraktikergesetz" (la legge che in Germania regola le medicine parallele), perché da aprile ad agosto del 1986 aveva curato alcuni pazienti senza avere l'abilitazione medica. Da quel momento in poi ha continuato a praticare la professione di medico in diversi paesi, abusivamente.
Nel 1987 pubblica il suo libro "Vermächtnis einer neuen Medizin" (Testamento per una nuova medicina).

Nel 1990 si reca a Burgau, in Austria, dove "cura" la moglie del sindaco che però morirà poco dopo. A Burgau fonda un centro di consulenza che chiama "Klinik für Neue Medizin", che verrà chiusa nel 1995 dalla autorità austriache. Ricordiamo che in quel momento Hamer aveva perso già da quattro anni la sua abilitazione, e non poteva lavorare come medico.
Il 22 gennaio 1992 viene condannato dal tribunale distrettuale di Colonia a 4 mesi di prigione per aver curato un ragazzo ammalato di cancro con una terapia non idonea. Il ragazzo perse una gamba.
Il 27 luglio del 1993 viene condannato per calunnia in Austria a 6 mesi, pena sospesa in condizionale per tre anni.
Nel 1995 scoppia il caso di Olivia Pilhar, che ha destato scalpore in tutto il mondo ed in particolare in Austria. I genitori della bambina vengono condannati ad 8 mesi di reclusione (fonte: sentenza di primo grado del tribunale regionale di Vienna e sentenza del tribunale regionale superiore di Vienna).
Nel 1997 Hamer è stato arrestato a Colonia, e quindi il 9 settembre 1997 è stato condannato a 19 mesi di reclusione dal tribunale di Colonia per omissione di soccorso a persona in pericolo, per infrazione alla legislazione sulle medicine parallele (Heilpraktikergesetz) e per esercizio illegale della medicina. L'arresto e la condanna sono avvenute dopo la morte di tre malati di cancro che Hamer aveva allontanato dalla medicina tradizionale. Sconterà solo 12 mesi della condanna.

Hamer in una trasmissione televisiva
Nel 2000 si trasferisce definitivamente in Spagna, sfuggendo così ad un nuovo mandato di cattura. Nell'ottobre 2001 viene condannato in contumacia a 18 mesi di reclusione e 200mila euro di multa in Francia per "exercice illégal de la médecine, complicité de non-assistance à personne en danger, complicité d'exercice illégal de la médecine, et escroquerie" (fonti: articoli francesi). Tutto è nato dalla denuncia di un uomo (G. C.) di Chambery, in Francia, che ha visto morire la moglie per un cancro al seno curato con le teorie della "nuova medicina". Altre due persone hanno poi seguito questo esempio denunciando Hamer.
Nel 2003 fa registrare la sua "Nuova Medicina Germanica" come marchio registrato.
Nel settembre del 2004 viene nuovamente arrestato in Spagna ed estradato in Francia a causa di un mandato di cattura europeo emesso dalla Francia. Sconta tre anni di reclusione per frode ed esercizio abusivo della professione medica (escroquerie et complicité d'exercice illégal de la médecine) dopo la condanna del tribunale di Chambéry del primo luglio 2004, giunta dopo sei anni di procedimenti giudiziari.
È stato rilasciato il 16 febbraio 2006, tre mesi prima della data di scarcerazione prevista.

Per ulteriori dettagli consultare la pagina sentenze.