Hamer nasce il 17 maggio 1935 a Düsseldorf-Mettmann, come terzo di sei figli maschi. Suo padre, Heinrich Hamer, è pastore protestante a Meschede dal 1945 a 1969. Hamer termina la scuola nel 1953 a Krefeld. Sposa Sigrid Oldenburg nel 1956 (si erano conosciuti ai rispettivi corsi di medicina), e diventa prima teologo -secondo Hamer nel 1957 a Erlangen, in Baviera- e successivamente diventa medico il 10 aprile del 1962, a 27 anni (fonti: sentenza del tribunale amministrativo di Francoforte, codice 12E 591/03; sentenza del tribunale amministrativo superiore di Rheinland-Pfalz, Coblenza, con codice 6A 10035/89.OVG 9K). Riceve il suo "Dr. med." (la laurea, una qualifica supplementare in Germania) nel dicembre 1963 (fonte: sentenza del tribunale amministrativo di Sigmaringen, codice 8K 610/03).

La data della sua laurea è visibile anche leggendo la sua tesi inserita nell'archivio della Deutsche Bibliothek su internet. Di conseguenza non poteva lavorare come medico prima del 1962. Alcuni sostenitori affermano invece che Hamer sia stato "il medico più giovane della Germania". I dati che si trovano nei fascicoli processuali e la data della sua tesi di laurea (quando aveva già 28 anni) provano invece un percorso di studi assolutamente normale, durato 6 anni (ovvero 12 semestri). Si sa per certo che Hamer ha lavorato dopo il 1964 e fino al 1986 in otto ambulatori privati diversi (fonte:
sentenza del tribunale amministrativo di Sigmaringen, codice 8K 610/03).

Nel febbraio 1972 diventa medico di medicina interna (in tedesco, "internist"): gli ci sono voluti 10 anni, mentre di solito ne bastano 5. Hamer non è mai stato un ginecologo. Alcuni siti internet che lo definiscono come "primario in ginecologia nella clinica oncologica universitaria di Monaco'' non forniscono prove per tale asserzione: del resto come fa un medico di medicina interna a diventare "primario in ginecologia"? Hamer non è mai stato primario, né si conoscono riferimenti per poterlo chiamare oncologo, psichiatra o fisico (in inglese, "physician" significa medico).

Prima di inventare la sua nuova medicina, attualmente chiamata da lui "Nuova Medicina Germanica" (marchio registrato da Hamer nel 2003), ha inventato e fatto registrare quattro strumenti in medicina, ma con scarso successo scientifico e commerciale: ad esempio un coltello elettrico a batterie usato in chirurgia e una sega elettrica per tagliare ossa.

Nel 1972 si sposta a Amburgo per un affare immobiliare (che fallisce) e tenta di cambiare il suo nome in "Hamer von Fumetti". Le autorità non gli consentono però di modificre il suo nome (fonte:
articolo del quotidiano "Der Stern" del 24 novembre 1983). Nel 1976, dopo alcuni dissapori con la "Kassenärztliche Vereinigung Nordbaden" (organizazione dei medici nel Nordbaden che regola la contabilità dei medici) rinuncia "di sua spontanea volontà" a registrarsi presso la "Kassenzulassung" ("Kassenärztliche Vereinigung KÄV"). La KÄV dichiarò che se Hamer non si fosse iscritto sarebbe stato espulso dalla KÄV, a causa della sua posizione irregolare. A partire da quella data, dunque, i pazienti dovevano pagare direttamente Hamer, e non potevano più avere assistenza attraverso le mutue assicurazioni della KÄV.
Sempre nel 1976 si trasferisce per alcuni mesi a Weiterstadt, dove ottiene dal Comune un prestito di 70mila marchi tedeschi (circa 35mila euro) per un ambulatorio che non aprirà mai. Secondo la rivista
Stern non restituirà i soldi al Comune.
La ditta Kienzle, che vuole commercializzare il suo coltello e la sua sega elettrica a catena per ossa, rifiuta di produrre questi strumenti dopo aver verificato che essi provocano gravi ferite nei tessuti, sopratutto se i tagli non sono rettilinei. Di conseguenza vengono chiesti ad Hamer i soldi corrisposti in anticipo per lo sviluppo di tali strumenti. Hamer reagisce scappando con la famiglia a Roma in via Cassia numero 1280, secondo un'altra fonte in via Margutta (fonte:
articolo "Der Stern" del 24 novembre 1983 e intervista a Birgit Hamer di Mauro Suttora del 27 settembre 2006).