Secondo alcune voci, suo figlio Dirk Hamer viene espulso dall'Italia nel 1978 con l'accusa di "resistenza a pubblico ufficiale".
Lo stesso Dirk Hamer muore tragicamente Il 7 dicembre del 1978. Il 17 agosto 1978 fu colpito da una pallottola sparata da Vittorio Emanuele di Savoia, figlio di Umberto II, che verrà processato e condannato a 6 mesi di prigione. Ammetterà solo molti anni dopo, in una conversazione registrata da una microspia, di aver sparato. Dirk Hamer stava dormendo su una barca davanti all'isola di Cavallo, in Corsica, ma il colpo non era per lui: probabilmente era invece per il medico "play boy" Nicky Pende, figlio del medico personale di Vittorio Emanuele.
Dirk Hamer viene trasportato a Marsiglia e gli viene asportata chirurgicamente una gamba. Contro il consiglio dei medici curanti, il padre Geerd Ryke Hamer lo trasferisce a Heidelberg, in Germania, dove muore.

Hamer ha dichiarato che Vittorio Emanuele gli avrebbe offerto 2 millioni di Marchi tedeschi (circa 1 milione di euro) se avesse rinunciato a processarlo. In seguito Hamer dichiarerà che la famiglia Savoia gli avrebbe offerto 10 millioni di Marchi tedeschi (circa 5 milioni di Euro). Secondo i documenti, nel settembre del 1978 le due famiglie concludono un contratto provvisorio che prevedeva un risarcimento di 500mila Franchi francesi. Vittorio Emanuele paga 200mila marchi tedeschi (circa 100mila Euro) per le spese ospedaliere, sostenendo che la vera causa della morte di Dirk era stato il trasferimento ad Heidelberg, contro il parere dei medici francesi. La moglie di Vittorio Emanuele, la principessa Marina Doria, ha affermato sul giornale tedesco "Der Stern" che Hamer -dietro un compenso di 2 milioni di Marchi tedeschi- avrebbe offerto di influenzare sua figlia Birgit, di modo che la sua testimonianza rispettasse la volontà di Vittorio Emanuele. Birgit era presente sul luogo della sparatoria ed era stata chiamata in causa quale testimone (fonte: articolo "Der Stern" del 24 novembre 1983). Alla fine le due famiglie non hanno trovato un accordo.

Nel 2006 Hamer ha dichiarato che suo figlio sarebbe stato ucciso nel 1978 a causa della sua Nuova Medicina Germanica: questa però fu inventata nel 1981, dunque ben due anni dopo l'uccisione di Dirk (fonte: Laborjournal del 10 ottobre 2006).