Tornato in Germania, apre nel 1982 per qualche tempo un "Sanatorium Rosenhof" a Bad Krozingen nel quale era l'unico medico. Due giornalisti della rivista "Der Stern", indagando, parlano con un'infermiera del "Rosenhof": racconterà in una toccante testimonianza che in quella clinica non è sopravvissuto quasi nessun malato di cancro (fonte: articolo "Der Stern" del 24 novembre 1983).
Su 50 pazienti identificati che erano stati curati da Hamer nel "Sanatorium Rosenhof", solo 7 sarebbero sopravissuti per poco tempo.
Nel 1983 Hamer apre a Gyhum, nei pressi di Bremen, una clinica privata abusiva chiamata "Krankenhaus Haus Dammersmoor". Tale clinica sarà chiusa dalle autorità. Dichiarerà in seguito che alcuni suoi pazienti a Gyhum sarebbero morti a causa degli articoli dei giornali che avevano un tono ostile verso di lui e la sua clinica.
La clinica "Amici di Dirk" a Katzenelnbogen
In tale clinica furono ricoverati anche pazienti stranieri, sopratutto francesi ed italiani. C'era una sola persona adetta alla cura (che però non aveva alcuna formazione professionale), che per di più era presente soltanto per poche ore al giorno mentre Hamer era spesso assente per parecchi giorni. Per questo alcune donne che facevano parte dell'amministrazione della clinica sono intervenute per occuparsi anche dei pazienti. Ulteriori dettagli nella sezione testimonianze.
Nel marzo del 1986 Hamer si sposta a Colonia. L'8 aprile 1986 viene radiato dall'ordine dei medici con una sentenza del tribunale distrettuale di Coblenza (codice 9 K/215/87) sulla base dell'articolo 5 della Bundesärzteordnung (regolamento federale per i medici) per ''mancanza di forza spirituale" e "per una struttura personale psicopatica che non consentirebbe di poter esercitare la professione di medico", e inoltre "perché sarebbe incapace di curare i pazienti" sulla base di due certificati psichiatrici dello psichiatra professor B. Pflug (dell'università di Francoforte) datati 27 novembre 1985 e 12 febbraio 1986. In essi si afferma che "il carattere di Hamer è da considerare piuttosto come un carattere fanatico (...) Si tratta di un medico con idee volgari, pronto a credere nella assolutezza delle sue idee, incapace di una valutazione equilibrata" (fonte: sentenza del 1990 del tribunale amministrativo di Coblenza).
Nonostante il divieto ad esercitare la professione medica, nel 1990 fonda a Burgau un centro di consulenza che chiama "Klinik für Neue Medizin" (Clinica per una Nuova Medicina). Si occupa anche della moglie del sindaco, che però morirà poco dopo. Dal momento che Hamer aveva perso la propria abilitazione medica, la clinica verrà chiusa nel 1995 dalla autorità austriache.